Na področju vojnih grobišč ministrstvo skrbi za urejanje in redno vzdrževanje vojaških grobišč v Republiki Sloveniji ter za urejanje in vzdrževanje vojaških pokopališč ter njihovo prenavljanje. Pomemben element dela je redno in intervencijsko vzdrževanje vojaških pokopališč pripadnikov tujih armad na slovenskih tleh, saj je vsako leto sklenjenih 40 pogodb z vzdrževalci 70 vojaških pokopališč in grobišč tujih armad na slovenskih tleh, katerih urejanje je v pristojnosti države.

Opravlja se investicijska prenova vojaških pokopališč predvsem iz prve svetovne vojne, prevzete pa so tudi naloge urejanja in prenove spominskih obeležij iz vojne za Slovenijo leta 1991 in naloge pri mednarodnem projektu obnove Soške fronte - "Posočje - poti miru", h kateremu je pristopilo tudi Ministrstvo za delo, družino in socialne zadeve.

Na mednarodnem področju urejajo delo in odnose v zvezi z urejanjem vojaških grobišč in prekopi posmrtnih ostankov vojakov tujih armad na slovenskih tleh meddržavni sporazumi.

Vlada RS pa je imenovala tudi Komisijo Vlade Republike Slovenije za reševanje vprašanj prikritih grobišč.